El nivel de secundaria se destaca por su educación holística y multicultural, en donde los estudiantes son capaces de reconocer la diversidad individual, social y cultural de los seres humanos, desde una posición de respeto y tolerancia. Se promueve el aprendizaje colaborativo basado en preguntas, problemas y proyectos, permitiéndoles construir y organizar conocimientos mediante la discusión y la reflexión, desarrollando en los estudiantes habilidades, actitudes y valores que les permitan adaptarse a situaciones nuevas y resolver problemas. Sobresale el trabajo cooperativo mediante el uso de herramientas tecnológicas que promueven el desarrollo del pensamiento crítico, así como la selección y síntesis de información.
Los alumnos de secundaria llevan como parte de su programa académico la asignatura de CEOXMUN (CEOX Model United Nations), en la cual, tienen la oportunidad de conocer sobre el Modelo de las Naciones Unidas, con el objetivo de sensibilizarlos sobre la situación global actual, promoviendo el ejercicio de una ciudadanía responsable.
